फाइलोजेनेटिक ट्री

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एक फाइलोजेनेटिक ट्री (Phylogenetic tree) या फाइलोजेनी (phylogeny) एक ग्राफिकल निरूपण है जो एक विशिष्ट समय के दौरान प्रजातियों या टैक्सा के एक समूह के बीच विकासवादी इतिहास को दर्शाता है।[1] दूसरे शब्दों में, यह एक शाखाओं वाला आरेख या एक ट्री है जो विभिन्न जैविक प्रजातियों या अन्य संस्थाओं के बीच उनके भौतिक या आनुवंशिक लक्षणों में समानता और अंतर के आधार पर विकासवादी संबंधों को दर्शाता है। विकासवादी जीव विज्ञान में, पृथ्वी पर सभी जीवन सैद्धांतिक रूप से एक एकल फाइलोजेनेटिक ट्री का हिस्सा हैं, जो साझा पूर्वज को इंगित करता है। फाइलोजेनेटिक्स फाइलोजेनेटिक ट्री का अध्ययन है। मुख्य चुनौती प्रजातियों या टैक्सा के एक समूह के बीच इष्टतम विकासवादी पूर्वज का प्रतिनिधित्व करने वाले फाइलोजेनेटिक ट्री को खोजना है। कंप्यूटेशनल फाइलोजेनेटिक्स (जिसे फाइलोजेनी अनुमान भी कहा जाता है) फाइलोजेनेटिक परिदृश्य में इष्टतम फाइलोजेनेटिक ट्री खोजने में शामिल एल्गोरिदम पर केंद्रित है।

फाइलोजेनेटिक ट्री रूटेड (मूलयुक्त) या अनरूटेड (मूलहीन) हो सकते हैं। एक रूटेड फाइलोजेनेटिक ट्री में, वंशजों वाला प्रत्येक नोड उन वंशजों के अनुमानित सबसे हालिया साझा पूर्वज का प्रतिनिधित्व करता है,[2] और कुछ ट्री में किनारे की लंबाई को समय के अनुमान के रूप में व्याख्यायित किया जा सकता है। प्रत्येक नोड को एक टैक्सोनोमिक इकाई कहा जाता है। आंतरिक नोड्स को आमतौर पर काल्पनिक टैक्सोनोमिक इकाइयाँ कहा जाता है, क्योंकि उन्हें सीधे देखा नहीं जा सकता है। ट्री जीव विज्ञान के क्षेत्रों जैसे जैव सूचना विज्ञान, वर्गीकरण विज्ञान, और फाइलोजेनेटिक्स में उपयोगी हैं। अनरूटेड ट्री केवल लीफ नोड्स की संबद्धता को दर्शाते हैं और इसके लिए पैतृक मूल को जानने या अनुमान लगाने की आवश्यकता नहीं होती है।

इतिहास

আরও দেখুন: Tree of life (biology)

जीवन के वृक्ष का विचार जीवन के निचले रूपों से उच्च रूपों में सीढ़ीनुमा प्रगति की प्राचीन धारणाओं से उत्पन्न हुआ (जैसे कि Great Chain of Being में)। "शाखाओं वाले" फाइलोजेनेटिक ट्री के शुरुआती निरूपणों में Edward Hitchcock द्वारा लिखित पुस्तक एलिमेंट्री जियोलॉजी (पहला संस्करण: 1840) में पौधों और जानवरों के बीच भूवैज्ञानिक संबंधों को दर्शाने वाला एक "पेलियोन्टोलॉजिकल चार्ट" शामिल है।

Charles Darwin ने अपनी 1859 की पुस्तक ऑन द ओरिजिन ऑफ स्पीशीज में एक आरेखीय विकासवादी "वृक्ष" को चित्रित किया। एक सदी से भी अधिक समय बाद, विकासवादी जीवविज्ञानी अभी भी विकास को दर्शाने के लिए ट्री आरेख का उपयोग करते हैं क्योंकि ऐसे आरेख प्रभावी ढंग से इस अवधारणा को व्यक्त करते हैं कि प्रजातीकरण वंशावली के अनुकूली और अर्ध-यादृच्छिक विभाजन के माध्यम से होता है।

शब्द फाइलोजेनेटिक, या फाइलोजेनी, दो प्राचीन ग्रीक शब्दों φῦλον (φῦλον), जिसका अर्थ है "जाति, वंशावली", और γένεσις (γένεσις), जिसका अर्थ है "उत्पत्ति, स्रोत", से लिया गया है।[3]

गुण

रूटेड ट्री

दृष्टिबाधित लोगों के लिए अनुकूलित रूटेड फाइलोजेनेटिक ट्री। ट्री का सबसे निचला बिंदु मूल (रूट) है, जो सभी जीवित प्राणियों के लिए सार्वभौमिक साझा पूर्वज का प्रतीक है। ट्री तीन मुख्य समूहों में शाखाओं में विभाजित है: बैक्टीरिया (बाएं शाखा, अक्षर a से i), आर्किया (मध्य शाखा, अक्षर j से p) और यूकेरियोटा (दाएं शाखा, अक्षर q से z)। प्रत्येक अक्षर जीवों के एक समूह से मेल खाता है, जो इस विवरण के नीचे सूचीबद्ध हैं। इन अक्षरों और विवरण को ब्रेल फॉन्ट में परिवर्तित किया जाना चाहिए, और ब्रेल प्रिंटर का उपयोग करके मुद्रित किया जाना चाहिए। चित्र को png फ़ाइल की प्रतिलिपि बनाकर और 3D प्रिंटिंग के लिए Gcode उत्पन्न करने के लिए Cura या अन्य सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके 3D प्रिंट किया जा सकता है।

एक रूटेड फाइलोजेनेटिक ट्री (शीर्ष पर दो ग्राफिक्स देखें) एक निर्देशित ट्री है जिसमें एक अद्वितीय नोड — मूल (रूट) — होता है जो ट्री के लीफ नोड्स पर मौजूद सभी संस्थाओं के (आमतौर पर अनुमानित) सबसे हालिया साझा पूर्वज से मेल खाता है। रूट नोड का कोई पैरेंट नोड नहीं होता है, लेकिन यह ट्री के अन्य सभी नोड्स के पैरेंट के रूप में कार्य करता है। इसलिए मूल डिग्री 2 का एक नोड है, जबकि अन्य आंतरिक नोड्स की न्यूनतम डिग्री 3 होती है (यहाँ "डिग्री" का अर्थ आने वाले और जाने वाले किनारों की कुल संख्या से है)।

ट्री को रूट करने के लिए सबसे आम विधि एक निर्विवाद आउटग्रुप का उपयोग है—जो लक्षण डेटा या आणविक अनुक्रमण से अनुमान लगाने की अनुमति देने के लिए पर्याप्त करीब है, लेकिन एक स्पष्ट आउटग्रुप होने के लिए पर्याप्त दूर है। एक अन्य विधि मिडपॉइंट रूटिंग है, या ट्री को गैर-स्थिर प्रतिस्थापन मॉडल का उपयोग करके भी रूट किया जा सकता है।[4]

अनरूटेड ट्री

मायोसिन के लिए एक अनरूटेड फाइलोजेनेटिक ट्री, जो प्रोटीन का एक सुपरफैमिली है[5]

अनरूटेड ट्री वंशावली के बारे में धारणा बनाए बिना लीफ नोड्स की संबद्धता को दर्शाते हैं। उन्हें पैतृक मूल को जानने या अनुमान लगाने की आवश्यकता नहीं होती है।[6] रूटेड ट्री को एक मूल डालकर अनरूटेड ट्री से उत्पन्न किया जा सकता है। अनरूटेड ट्री के मूल का अनुमान लगाने के लिए वंशावली की पहचान करने के कुछ साधनों की आवश्यकता होती है। यह आमतौर पर इनपुट डेटा में एक आउटग्रुप को शामिल करके किया जाता है ताकि मूल अनिवार्य रूप से आउटग्रुप और ट्री में बाकी टैक्सा के बीच हो, या प्रत्येक शाखा पर विकास की सापेक्ष दरों के बारे में अतिरिक्त धारणाएं पेश करके किया जाता है, जैसे कि आणविक घड़ी परिकल्पना का अनुप्रयोग।

बाइफरकेटिंग बनाम मल्टीफरकेटिंग

रूटेड और अनरूटेड दोनों ट्री बाइफरकेटिंग (द्विभाजित) या मल्टीफरकेटिंग (बहु-विभाजित) हो सकते हैं। एक रूटेड बाइफरकेटिंग ट्री में प्रत्येक आंतरिक नोड से ठीक दो वंशज उत्पन्न होते हैं (अर्थात, यह एक बाइनरी ट्री बनाता है), और एक अनरूटेड बाइफरकेटिंग ट्री एक अनरूटेड बाइनरी ट्री का रूप लेता है, जो एक फ्री ट्री है जिसमें प्रत्येक आंतरिक नोड पर ठीक तीन पड़ोसी होते हैं। इसके विपरीत, एक रूटेड मल्टीफरकेटिंग ट्री में कुछ नोड्स पर दो से अधिक बच्चे हो सकते हैं और एक अनरूटेड मल्टीफरकेटिंग ट्री में कुछ नोड्स पर तीन से अधिक पड़ोसी हो सकते हैं।

लेबल वाले बनाम बिना लेबल वाले

रूटेड और अनरूटेड दोनों ट्री लेबल वाले या बिना लेबल वाले हो सकते हैं। एक लेबल वाले ट्री में उसके लीफ नोड्स को विशिष्ट मान दिए जाते हैं, जबकि एक बिना लेबल वाले ट्री, जिसे कभी-कभी ट्री आकार कहा जाता है, केवल एक टोपोलॉजी को परिभाषित करता है। एक छोटे जीनोमिक लोकस से निर्मित कुछ अनुक्रम-आधारित ट्री, जैसे कि फाइलोट्री (Phylotree),[7] में अनुमानित पैतृक हैप्लोटाइप के साथ लेबल किए गए आंतरिक नोड्स होते हैं।

ट्री की गणना

लेबल वाले लीफ नोड्स की संख्या के फलन के रूप में फाइलोजेनेटिक ट्री की कुल संख्या में वृद्धि: अनरूटेड बाइनरी ट्री (नीले हीरे), रूटेड बाइनरी ट्री (लाल गोले), और रूटेड मल्टीफरकेटिंग या बाइनरी ट्री (हरे: त्रिकोण)। Y-अक्ष पैमाना लघुगणकीय है।

लीफ नोड्स की एक निश्चित संख्या के लिए संभावित ट्री की संख्या ट्री के विशिष्ट प्रकार पर निर्भर करती है, लेकिन बिना लेबल वाले ट्री की तुलना में हमेशा अधिक लेबल वाले ट्री होते हैं, बाइफरकेटिंग की तुलना में अधिक मल्टीफरकेटिंग ट्री होते हैं, और अनरूटेड की तुलना में अधिक रूटेड ट्री होते हैं। अंतिम अंतर सबसे अधिक जैविक रूप से प्रासंगिक है; यह इसलिए उत्पन्न होता है क्योंकि अनरूटेड ट्री पर मूल रखने के लिए कई स्थान होते हैं। बाइफरकेटिंग लेबल वाले ट्री के लिए, रूटेड ट्री की कुल संख्या है:

(2n−3)!!=(2n−3)!2n−2(n−2)! जहाँ n≥2, n लीफ नोड्स की संख्या का प्रतिनिधित्व करता है।[8]

बाइफरकेटिंग लेबल वाले ट्री के लिए, अनरूटेड ट्री की कुल संख्या है:[8]

(2n−5)!!=(2n−5)!2n−3(n−3)! जहाँ n≥3 है।

लेबल किए गए द्विभाजित (bifurcating) वृक्षों में, n पत्तियों वाले अनरूटेड (unrooted) वृक्षों की संख्या n−1 पत्तियों वाले रूटेड (rooted) वृक्षों की संख्या के बराबर होती है।[9]

रूटेड वृक्षों की संख्या टिप्स (tips) की संख्या के फलन के रूप में तेजी से बढ़ती है। 10 टिप्स के लिए, 34×106 से अधिक संभावित द्विभाजित वृक्ष होते हैं, और मल्टीफर्केटिंग (multifurcating) वृक्षों की संख्या और भी तेजी से बढ़ती है, जिसमें बाद वाले वृक्षों की संख्या पहले वाले की तुलना में लगभग 7 गुना अधिक होती है।

वृक्षों की गणना।[8]
लेबल की गई
पत्तियाँ		 बाइनरी
अनरूटेड वृक्ष		 बाइनरी
रूटेड वृक्ष		 मल्टीफर्केटिंग
रूटेड वृक्ष		 सभी संभावित
रूटेड वृक्ष
1 1 1 0 1
2 1 1 0 1
3 1 3 1 4
4 3 15 11 26
5 15 105 131 236
6 105 945 1,807 2,752
7 945 10,395 28,813 39,208
8 10,395 135,135 524,897 660,032
9 135,135 2,027,025 10,791,887 12,818,912
10 2,027,025 34,459,425 247,678,399 282,137,824

विशेष वृक्ष प्रकार

डेंड्रोग्राम (Dendrogram)

डेंड्रोग्राम एक वृक्ष के लिए एक सामान्य नाम है, चाहे वह फाइलोजेनेटिक हो या न हो, और इसलिए यह एक फाइलोजेनेटिक वृक्ष के आरेखीय निरूपण के लिए भी प्रयुक्त होता है।[10] जैविक वर्गीकरण में, वर्गीकरण श्रेणियों (जिन्हें कभी-कभी टैक्सोनॉमी ट्री कहा जाता है) का प्रतिनिधित्व करने वाले पदानुक्रमित आरेख ऐसे डेंड्रोग्राम होते हैं जो स्पष्ट विकासवादी वंश के बजाय नेस्टेड समूहों को दर्शाते हैं।

कुछ कुत्तों की नस्लों के फाइलोजेनी का डेंड्रोग्राम

क्लैडोग्राम (Cladogram)

एक क्लैडोग्राम केवल एक शाखा पैटर्न का प्रतिनिधित्व करता है; यानी, इसकी शाखाओं की लंबाई समय या चरित्र परिवर्तन की सापेक्ष मात्रा का प्रतिनिधित्व नहीं करती है, और इसके आंतरिक नोड्स पूर्वजों का प्रतिनिधित्व नहीं करते हैं।[11]

फाइलोग्राम (Phylogram)

एक फाइलोग्राम एक फाइलोजेनेटिक वृक्ष है जिसकी शाखाओं की लंबाई चरित्र परिवर्तन की मात्रा के समानुपाती होती है।[12]

क्रोनोग्राम (Chronogram)

एक क्रोनोग्राम एक फाइलोजेनेटिक वृक्ष है जो अपनी शाखाओं की लंबाई के माध्यम से स्पष्ट रूप से समय का प्रतिनिधित्व करता है।[13]

लेपिडोप्टेरा (Lepidoptera) का एक क्रोनोग्राम। इस फाइलोजेनेटिक वृक्ष प्रकार में, शाखाओं की लंबाई भूवैज्ञानिक समय के समानुपाती होती है।

डाहलग्रेनोग्राम (Dahlgrenogram)

एक डाहलग्रेनोग्राम एक फाइलोजेनेटिक वृक्ष के क्रॉस सेक्शन का प्रतिनिधित्व करने वाला एक आरेख है।

फाइलोजेनेटिक नेटवर्क (Phylogenetic network)

एक फाइलोजेनेटिक नेटवर्क सख्ती से कहें तो एक वृक्ष नहीं है, बल्कि एक अधिक सामान्य ग्राफ है, या रूटेड नेटवर्क के मामले में एक निर्देशित एसाइक्लिक ग्राफ है। इनका उपयोग वृक्षों में निहित कुछ सीमाओं को दूर करने के लिए किया जाता है।

स्पिंडल आरेख (Spindle diagram)

एक स्पिंडल आरेख, जो वर्ग स्तर पर कशेरुकी (vertebrates) के विकास को दर्शाता है, स्पिंडल की चौड़ाई परिवारों की संख्या को इंगित करती है। स्पिंडल आरेखों का उपयोग अक्सर विकासवादी वर्गीकरण (evolutionary taxonomy) में किया जाता है।

एक स्पिंडल आरेख, या बबल आरेख, को अक्सर अमेरिकी जीवाश्म विज्ञानी अल्फ्रेड रोमर द्वारा लोकप्रिय बनाए जाने के बाद रोमेरोग्राम कहा जाता है।[14] यह विभिन्न टैक्सोन की समय के साथ प्रचुरता में भिन्नता को दर्शाने के लिए भूवैज्ञानिक समय (ऊर्ध्वाधर अक्ष) के विरुद्ध टैक्सोनोमिक विविधता (क्षैतिज चौड़ाई) का प्रतिनिधित्व करता है। एक स्पिंडल आरेख एक विकासवादी वृक्ष नहीं है: टैक्सोनोमिक स्पिंडल मूल टैक्सोन से पुत्री टैक्सोन के वास्तविक संबंधों को अस्पष्ट करते हैं और इसमें मूल समूह की पैराफाइली (paraphyly) शामिल होने का नुकसान होता है। इस प्रकार के आरेख का उपयोग अब उस रूप में नहीं किया जाता है जैसा कि मूल रूप से प्रस्तावित किया गया था।

जीवन का कोरल (Coral of life)

মূল নিবন্ধ: Coral of life

जीवन का कोरल

डार्विन[15] ने यह भी उल्लेख किया कि कोरल (मूंगा), वृक्ष की तुलना में अधिक उपयुक्त रूपक हो सकता है। वास्तव में, फाइलोजेनेटिक कोरल अतीत और वर्तमान जीवन को चित्रित करने के लिए उपयोगी हैं, और वृक्षों की तुलना में उनके कुछ फायदे हैं (एनास्टोमोसेस की अनुमति, आदि)।

निर्माण

মূল নিবন্ধ: Computational phylogenetics गैर-तुच्छ संख्या में इनपुट अनुक्रमों से बने फाइलोजेनेटिक वृक्षों का निर्माण कंप्यूटेशनल फाइलोजेनेटिक्स विधियों का उपयोग करके किया जाता है। नेबर-जॉइनिंग या UPGMA जैसी डिस्टेंस-मैट्रिक्स विधियां, जो मल्टीपल सीक्वेंस एलाइनमेंट से आनुवंशिक दूरी (genetic distance) की गणना करती हैं, लागू करने में सबसे सरल हैं, लेकिन वे किसी विकासवादी मॉडल का आह्वान नहीं करती हैं। ClustalW जैसी कई अनुक्रम संरेखण विधियां भी वृक्ष निर्माण के सरल एल्गोरिदम (अर्थात दूरी पर आधारित) का उपयोग करके वृक्ष बनाती हैं। अधिकतम पार्सिमनी (Maximum parsimony) फाइलोजेनेटिक वृक्षों का अनुमान लगाने की एक और सरल विधि है, लेकिन यह विकास के एक निहित मॉडल (अर्थात पार्सिमनी) का तात्पर्य रखती है। अधिक उन्नत विधियां अधिकतम संभावना (maximum likelihood) के इष्टतम मानदंड (optimality criterion) का उपयोग करती हैं, अक्सर एक बेयसियन ढांचे के भीतर, और फाइलोजेनेटिक वृक्ष अनुमान के लिए विकास के एक स्पष्ट मॉडल को लागू करती हैं।[9] इन तकनीकों में से कई का उपयोग करके इष्टतम वृक्ष की पहचान करना NP-hard है, इसलिए डेटा के अनुकूल एक उचित रूप से अच्छे वृक्ष की पहचान करने के लिए वृक्ष-स्कोरिंग कार्यों के साथ संयोजन में ह्यूरिस्टिक खोज और अनुकूलन विधियों का उपयोग किया जाता है।

वृक्ष-निर्माण विधियों का मूल्यांकन कई मानदंडों के आधार पर किया जा सकता है:[16]

  • दक्षता (उत्तर की गणना करने में कितना समय लगता है, इसे कितनी मेमोरी की आवश्यकता है?)
  • शक्ति (क्या यह डेटा का अच्छा उपयोग करता है, या जानकारी बर्बाद हो रही है?)
  • स्थिरता (क्या यह बार-बार एक ही उत्तर पर अभिसरण करेगा, यदि प्रत्येक बार एक ही मॉडल समस्या के लिए अलग-अलग डेटा दिया जाए?)
  • मजबूती (क्या यह अंतर्निहित मॉडल की मान्यताओं के उल्लंघन के साथ अच्छी तरह से निपटता है?)
  • फाल्सिफिएबिलिटी (क्या यह हमें तब सचेत करता है जब इसका उपयोग करना अच्छा नहीं होता है, यानी जब मान्यताओं का उल्लंघन होता है?)

वृक्ष-निर्माण तकनीकों ने गणितज्ञों का भी ध्यान आकर्षित किया है। वृक्षों का निर्माण T-थ्योरी का उपयोग करके भी किया जा सकता है।[17]

फ़ाइल स्वरूप

वृक्षों को कई अलग-अलग स्वरूपों में एन्कोड किया जा सकता है, जिनमें से सभी को एक वृक्ष की नेस्टेड संरचना का प्रतिनिधित्व करना चाहिए। वे शाखाओं की लंबाई और अन्य विशेषताओं को एन्कोड कर सकते हैं या नहीं भी कर सकते हैं। मानकीकृत स्वरूप उन वृक्षों को वितरित करने और साझा करने के लिए महत्वपूर्ण हैं जो ग्राफिक्स आउटपुट पर निर्भर नहीं हैं जिन्हें मौजूदा सॉफ़्टवेयर में आयात करना मुश्किल है। आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले स्वरूप हैं:

फाइलोजेनेटिक विश्लेषण की सीमाएं

October 2012

हालाँकि विभिन्न प्रजातियों में अनुक्रमित जीन या जीनोमिक डेटा के आधार पर तैयार किए गए फाइलोजेनेटिक वृक्ष विकासवादी अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं, लेकिन इन विश्लेषणों की महत्वपूर्ण सीमाएं हैं। सबसे महत्वपूर्ण बात यह है कि उनके द्वारा उत्पन्न वृक्ष जरूरी नहीं कि सही हों – वे जरूरी नहीं कि शामिल टैक्सोन के विकासवादी इतिहास का सटीक प्रतिनिधित्व करते हों। किसी भी वैज्ञानिक परिणाम की तरह, वे आगे के अध्ययन (जैसे, अतिरिक्त डेटा एकत्र करना, बेहतर विधियों के साथ मौजूदा डेटा का विश्लेषण करना) द्वारा खंडन के अधीन हैं। जिस डेटा पर वे आधारित हैं वह नॉइज़ी हो सकता है;[19] विश्लेषण आनुवंशिक पुनर्संयोजन, क्षैतिज जीन स्थानांतरण, संकरण से पहले वृक्ष पर निकटतम पड़ोसी नहीं होने वाली प्रजातियों के बीच संकरण, और संरक्षित अनुक्रमों द्वारा भ्रमित हो सकता है।

इसके अलावा, केवल एक प्रकार के लक्षण, जैसे कि एक एकल जीन (gene) या प्रोटीन (protein) या केवल रूपात्मक विश्लेषण (morphological analysis) पर आधारित विश्लेषण में समस्याएं होती हैं, क्योंकि किसी अन्य असंबंधित डेटा स्रोत से निर्मित ऐसे वृक्ष अक्सर पहले वाले से भिन्न होते हैं, और इसलिए प्रजातियों के बीच जातिवृत्तीय (phylogenetic) संबंधों का अनुमान लगाने में बहुत सावधानी बरतने की आवश्यकता होती है। यह उन आनुवंशिक सामग्रियों के लिए सबसे अधिक सत्य है जो पार्श्व जीन स्थानांतरण (lateral gene transfer) और पुनर्संयोजन (recombination) के अधीन हैं, जहाँ विभिन्न हैप्लोटाइप (haplotype) ब्लॉकों का इतिहास अलग-अलग हो सकता है। इस प्रकार के विश्लेषण में, एक एकल जीन के जातिवृत्तीय विश्लेषण का आउटपुट वृक्ष उस जीन के जातिवृत्त (अर्थात, जीन वृक्ष) का एक अनुमान होता है, न कि उन टैक्सा (taxa) का जातिवृत्त (अर्थात, प्रजाति वृक्ष) जिनसे ये लक्षण लिए गए थे, हालांकि आदर्श रूप से, दोनों बहुत करीब होने चाहिए। इस कारण से, गंभीर जातिवृत्तीय अध्ययन आम तौर पर विभिन्न जीनोमिक स्रोतों (उदाहरण के लिए, माइटोकॉन्ड्रियल या प्लास्टिड बनाम परमाणु जीनोम) से आने वाले जीन के संयोजन का उपयोग करते हैं,[20] या ऐसे जीन जिनका विकास विभिन्न चयनात्मक व्यवस्थाओं के तहत होने की उम्मीद की जाती है, ताकि प्राकृतिक चयन के परिणामस्वरूप होमोप्लासी (homoplasy) (गलत समजातता) होने की संभावना न हो।

जब विलुप्त प्रजातियों को विश्लेषण में टर्मिनल नोड (terminal nodes) के रूप में शामिल किया जाता है (न कि, उदाहरण के लिए, आंतरिक नोड्स को बाधित करने के लिए), तो उन्हें किसी भी जीवित प्रजाति के प्रत्यक्ष पूर्वज का प्रतिनिधित्व करने वाला नहीं माना जाता है। विलुप्त प्रजातियों में आमतौर पर उच्च गुणवत्ता वाला डीएनए (ancient DNA) नहीं होता है।

उपयोगी डीएनए सामग्रियों की सीमा निष्कर्षण और अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों में प्रगति के साथ विस्तारित हुई है। छोटे टुकड़ों से, या डीएनए क्षरण उत्पादों के स्थानिक पैटर्न से अनुक्रमों का अनुमान लगाने में सक्षम प्रौद्योगिकियों का विकास, उपयोगी माने जाने वाले डीएनए की सीमा को और बढ़ा देगा।

जातिवृत्तीय वृक्षों का अनुमान अन्य डेटा प्रकारों की एक श्रृंखला से भी लगाया जा सकता है, जिसमें आकृति विज्ञान (morphology), विशेष प्रकार के जीन की उपस्थिति या अनुपस्थिति, सम्मिलन और विलोपन की घटनाएं - और कोई भी अन्य अवलोकन जिसे विकासवादी संकेत माना जाता है, शामिल हैं।

जातिवृत्तीय नेटवर्क (Phylogenetic networks) का उपयोग तब किया जाता है जब द्विभाजित वृक्ष उपयुक्त नहीं होते हैं, इन जटिलताओं के कारण जो नमूने लिए गए जीवों के अधिक जालीदार (reticulate) विकासवादी इतिहास का सुझाव देते हैं।

संदर्भ

  1. ↑ Khalafvand, Tyler Seyed Amin. (2015). Finding Structure in the Phylogeny Search Space. Dalhousie University.
  2. ↑ (21 April 2016). "Encyclopedia of Evolutionary Biology". 489–493. ISBN 978-0-12-800426-5. doi:10.1016/B978-0-12-800049-6.00215-8.
  3. ↑ Bailly, Anatole. (1981-01-01). "Abrégé du dictionnaire grec français". Hachette. ISBN 978-2-01-003528-9.
  4. ↑ (9 February 2022). "nQMaker: Estimating Time Nonreversible Amino Acid Substitution Models". Systematic Biology. 71 (5) 1110–1123. doi:10.1093/sysbio/syac007.
  5. ↑ (1 October 2000). A myosin family tree. J Cell Sci. 113 (19) 3353–4. doi:10.1242/jcs.113.19.3353.
  6. ↑ "Tree" Facts: Rooted versus Unrooted Trees.
  7. ↑ (2009). "Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation". Human Mutation. 30 (2) E386–E394. doi:10.1002/humu.20921.
  8. ↑ 8.0 8.1 8.2 Felsenstein, Joseph. (1978-03-01). The Number of Evolutionary Trees. Systematic Biology. 27 (1) 27–33. doi:10.2307/2412810.
  9. ↑ 9.0 9.1 Cite error: Invalid <ref> tag; no text was provided for refs named Felsenstein
  10. ↑ The dendrogram. coursea.
  11. ↑ Mayr, Ernst. (1974). "Cladistic analysis or cladistic classification?". Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. 12 (1) 94–128. doi:10.1111/j.1439-0469.1974.tb00160.x.
  12. ↑ (2017). "Optimization based on phylogram analysis". Expert Systems with Applications. 78 32–50. doi:10.1016/j.eswa.2017.02.012.
  13. ↑ (2009-05-26). "Treevolution: visual analysis of phylogenetic trees". Bioinformatics. 25 (15) 1970–1971. doi:10.1093/bioinformatics/btp333.
  14. ↑ (2014-11-10). Evolutionary systematics: Spindle Diagrams. Palaeos.com.
  15. ↑ (1837). "Notebook B.". 25.
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  17. ↑ A. Dress, K. T. Huber, and V. Moulton. 2001. Metric Spaces in Pure and Applied Mathematics. Documenta Mathematica LSU 2001: 121–139
  18. ↑ Tree Formats. Evolution and Genomics.
  19. ↑ (2012). "Phylogenetic Signal and Noise: Predicting the Power of a Data Set to Resolve Phylogeny". Genetics. 61 (5) 835–849. doi:10.1093/sysbio/sys036.
  20. ↑ (2019). "Diagnosis of mitogenome for robust phylogeny: A case of Cypriniformes fish group". Gene. 713. doi:10.1016/j.gene.2019.143967.

स्रोत: अंग्रेज़ी विकिपीडिया के “Phylogenetic tree” लेख का अनुवाद। मूल लेख: https://en.wikipedia.org/wiki/Phylogenetic_tree यह अनुवाद स्वचालित रूप से तैयार किया गया है।

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